Los costos ocultos hacen referencia a las externalidades negativas y las ineficiencias que surgen de la forma en que se produce y consume dentro de los sistemas de alimentación y uso del suelo, entre los que están, los costos económicos, sobre la salud y el medio ambiente. No se toma en el análisis una definición económica estricta de las externalidades de los sistemas alimentarios, sólo se estiman las pérdidas en un sentido amplio y los costos humanos y sociales relacionados con los sistemas agrícolas y de uso de suelo en el Valle de Cauca (VdC). De acuerdo al indicador, se utiliza tanto los costos en bienestar social (perjuicios), costos de reducción o la pérdida de valor económico por el uso ineficiente de los recursos (costo directo).